SNP-Genotypisierung, DNA-Marker, PCR, Mutation, Mikrosatelliten (STR)-Analyse

Für Ihre Projekte bezüglich DNA-Marker und genetischer Variabilität bieten wir umfassende Expertise plus eine Vielfalt an technischen Plattformen. Hier sind wir international führend. Unsere Dienstleistung bei der Erfassung von Genotypen, DNA-Markern und Mutationen wird typischerweise in folgenden Bereichen angefragt:

• Forensik und Spurenanalyse (STR, SNP, etc.)
• Klinische Studien
• Forschung und Diagnostik
• Pflanzenzüchtung (AFLP, RFLP, SNP, RAPD, STR, etc)
• Tierzucht (STR, QTL, Mikrosatellit, Abstammung,  Genomische Selektion (genomic selection), etc.)
• Populationsgenetik (STR, RAPD, SNP, etc.)
• Akademische Projekte mit Tieren, Pflanzen und Mikroorganismen
• Industrielle Biotechnologie und Artenschutz
• Identifizierung von Bestandteilen in Lebensmitteln und Produkten

Unser Angebot reicht von der umfassenden Beratung und kompletten Durchführung von Projekten bis zur gezielten Nutzung spezifischer Technologien durch unsere Kunden. Unsere Schwerpunkte liegen in den Bereichen

• DNA-Extraktion aus verschiedensten Geweben und Materialien mit bis zu Zehntausenden von Proben
  
  
• Genotypisierung von SNPs und INDEL-Polymorphismen
  
  
• Genotypisierung von Short Tandem Repeats (STR) bzw. Mikrosatelliten per Fragmentlängenanalyse
  
  
• Quantitative PCR / realtime PCR und Schmelzkurvenanalysen mit ABI TaqMan oder Roche Light Cycler
  
  
• Sequenzierung von Einzelsequenzen bis Hochdurchsatz mit mehr als 500 Kapillaren
  
  
• "Next Generation Sequencing" von bis zu 100.000.000 Basen in 7,5 Stunden
  
  
• RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
  
  
• AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

DNA-Extraktion aus verschiedensten Geweben und Materialien mit bis zu Zehntausenden von Proben

Am Anfang aller Analysen steht die DNA- bzw. RNA-Extraktion. Dabei bauen wir gerade bei hochsensiblen Proben auf unsere jahrelange Erfahrung in der Forensischen DNA Spurenanalyse. Ob Einzel-Analysen von Lebensmittelproben, Medikamenten oder Non-Food Produkten oder die parallele Aufarbeitung von Zehntausenden von Blut- oder Gewebeproben, unser DNA-Know-How setzt Maßstäbe. Unsere Labormitarbeiter sind bestens ausgebildet und arbeiten nach einem zertifizierten QM-System. Automatisierte Plattformen und Pipettierroboter erleichtern zudem die Hochdurchsatzanalyse und ermöglichen einen gleichbleibenden Qualitätsstandard.

Mit freundlicher Genehmigung von Sequenom®

Für Hoch-Durchsatz-SNP Genotypisierungen empfehlen wir das SEQUENOM MassARRAY^® iPLEX Gold System, welches die Einfachheit einer Einzelbasen-Extensionsreaktion mit der Sensitivität und der Genauigkeit von MALDI-TOF Massenspektroskopie in sich vereint. Die Vorteile des Systems liegen auf der Hand: Ein hoher Grad an Automatisierung, eine sehr schnelle Turnaround Time, reproduzierbare und klar nachvollziehbare Ergebnisse und höchste Genauigkeit.

Typische Anwendungsbereiche: Hochdurchsatz-Genotypisierungen von einer bis hunderte Mutationen oder SNPs pro Probe, ab einer Probenanzahl von 48 Proben. Feinkartierung von Genorten, Nachtypisierung von ausgewählten HighPriority SNPs aus Ganz-Genom-Ansätzen, Populationsstudien, Assoziationsstudien, auch mit gepoolter DNA und niedrig-frequenten Mutationen, Validierungsstudien von Mutationen, Abstammungskontrollen, Rückverfolgbarkeit, Genomic Selection, Genomische Selektion, Mutationen, QTL, etc.

Potential für Forensik siehe bspw. kürzlich publizierte R&D Ergebnisse (pdf-Datei, 800 KB) >>

Genotypisierung von Short Tandem Repeats (STR) bzw. Mikrosatelliten per PCR und Fragmentlängenanalyse

Mikrosatelliten (STR) -Typisierung mittels Fragmentlängen-Analyse von fluoreszenz-markierten PCR-Produkten durch Kapillarelektrophorese.

Typische Anwendungsbereiche: DNA-Forensik, DNA_Fingerprints, Vaterschaftsanalysen sowie Verwandtschaftsanalyen für Mensch und Tier. Für die PCR stehen uns mehr als 40 Thermocycler zur Verfügung. Die Detektion erfolgt auf ABI 3130 und 3100 Sequenzern.

Quantitative PCR / realtime PCR und Schmelzkurvenanalysen mit ABI TaqMan oder Roche Light Cycler

Genaue, hochsensitive und schnelle quantitative Messung der Ziel-DNA per RT_PCR. Wir bieten diese PCR Analysen im Plattenformat bis zu 2 x 384 Proben an.

Typische Anwendungsbereiche: Projekte mit wenigen oder problematischen SNPs sowie klinische Vorstudien (Human- und Veterinär). PCR-Identifikation von Spezies auch im Spurenbereich in Lebensmitteln, Produkten und Forensik. LightCycler und Schmelzkurven-Analysen sind oft im klinischen und diagnostischen Bereich gefragt. Für spezielle Anwendungen, bspw. Quantifizierung von DNA und RNA in Lebensmitteln und Produkten oder für Identifikation von Spezies und Rassen können wir außerdem mit dem Agilent 2100 Bioanalyzer die Lab-on-the-chip Technologie anbieten. Epigenetische Studien und Methylierungsanalysen bspw. mit dem SEQUENOM MassARRAY^® EpiTYPER System auf Anfrage.

Mit freundlicher Genehmigung von Sequenom®

Sequenzierung nach Sanger mit fluoreszenz-markierten Abbruchnukleotiden und Auftrennung der Fragmente mittels Kapillarelektophorese. In unserem Labor ermöglichen über 500 Kapillaren verteilt auf 10 moderne ABI Sequenziergeräte eine schnelle und sichere Sequenzierung oder Genotypisierung.

Typische Anwendungsbereiche: Wenn es bei der Genotypsisierung von SNPs schnell gehen soll, bei kleineren Probenmengen oder falls umfassende Sequenzinformationen erfasst werden müssen. Beispielsweise für Tests auf Variabilität von Mutationen in der zu untersuchenden Population oder für Vorstudien im human- und tiermedizinischen Bereich. Auch für Genotypisierung mit problematischen DNA-Markern (SNPs, STR, Mikrosatelliten, Mutationen) oder von mitochondrialer DNA (Verwandtschaftsanalysen, Populationsgenetik, Speziesbestimmung). Unsere Hochdurchsatz-Technologien können auf Grundlage der erfassten Sequenzinformation gezielt für DNA-Marker, Mutationen, Polymorphismen, SNPs und STR optimiert und eingesetzt werden.

"Next Generation Sequencing" von bis zu 100.000.000 Basen in 7,5 Stunden

Echte Hochdurchsatzsequenzierung ist jetzt möglich: mit jedem unserer beiden Roche Genome FLX Sequencer, unterstützt vom 454 Sequencing System, können wir in einem Lauf mehr als 400.000 Reads und dabei 100.000.000 Basenpaare sequenzieren. Die Datengenerierung ist nicht nur atemberaubend schnell und kostengünstig, sondern auch sicher! Ein durchschnittlicher Einzellauf liefert über 200 Basen eine Genauigkeit von 99,5 %. Die Treffsicherheit der Consensus-Sequenz liegt sogar bei 99,99%.

Typische Anwendungsbereiche: Identifikation von genetischer Variation zwischen Individuen, Populationen und Spezies. Populationsgenetik; Identifikation von DNA-Markern und QTL für Tierzucht und Pflanzenzüchtung; Identifizierung von Insertionen, Deletionen und SNPs. Resequenzierungen (medizinische Forschung, Diagnostik, Tierzucht, Krebsforschung, Erbkrankheiten, Infektionskrankheiten). De-Novo-Sequenzierungen, BAC-Sequenzierungen, Sequenzierung ganzer Genome, Epigenomik und Metagenomik. Analyse von alternativen Spleißvarianten etc.

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

Durch die hohe Anzahl an verwendeten Markern (AFLP, RFLP, SNP, STR, RAPD, etc.) lassen sich auch sehr nahe verwandte Arten und Rassen bzw. Varietäten phylogenetisch unterscheiden oder eine Genkartierung vornehmen. Die Genotypisierung erkennt Polymorphismen bzw. Mutationen durch Einsatz von Restriktionsenzymen (RFLP) bzw. auch Ligation und Amplifikation (AFLP). Der DNA-Fingerprint kann zur Unterscheidung von Individuen und auch zur Darstellung naher Verwandtschaften genutzt werden. Diese Methoden bieten wir im Plattenformat an.

Typische Anwendungsbereiche: Tierzucht, Pflanzenzüchtung, Sortenbestimmung, Populationsanalyse, Spezies-Bestimmung, Sortendifferenzierung, Einzelpflanzenanalysen, QTL-Analysen, Genkartierung, Genomische Selektion (genomic selection), STR, SNP, PCR, etc

Eurofins Medigenomix GmbH
Anzinger Straße 7a, D-85560 Ebersberg
Telefon: ++49 (0)8092 / 8289-200, Fax: -201
info@medigenomix.de
Letzte Änderung dieser Seite: 27.01.2010